Am 7. Juli 1756 schrieb Winckelmann aus Rom: „Ich habe einige Gallerien mehr als zehnmal gesehen, und auf der Stelle meine Anmerkungen aufgezeichnet, und ich bin dennoch vielmahls zweifelhaft, wenn ich anfange etwas zu entwerfen.“ Aus der Materialsammlung eine Publikation der Antiken hatte er wohl ins Auge gefaßt, doch nicht realisiert: Andere Publikationspläne traten in den Vordergrund.
Die im handschriftlichen Nachlaß in Paris erhaltenen Hefte zur antiken Skulpturen in den römischen Sammlungen stellen die umfassendste handschriftliche Materialsammlung zur antiken Plastik dar, die uns von Winckelmann erhalten blieb. Es sind die ersten, bald nach seiner Ankunft in Rom zusammengetragen „Bausteine“ seiner Kunstgeschichte. Diese Notizen und Beschreibungen im Zusammenhang zu edieren, erscheint deshalb gerechtfertigt. Die transkribierten unkommentierten Texte, denen im Kommentarteil direkt alle Abbildungen zugeordnet sind, geben einen Einblick in Winckelmanns Arbeitsmethode; seiner genauen Autopsie antiker Skulpturen, zu seinen vorwiegend aus der Guidenliteratur entnommenen Exzerpten, die seine Besuche in den Villen, Palästen und Gärten in Rom vor- und nachbereiteten, ebenso zu seinen Zitaten aus antiken Schriftquellen, die einzelne Sachverhalte erläutern sollen.
Winckelmanns Kritik an den Vorgängen, die, wie er meinte, nicht aus direkter Anschauung sondern nur aus Texten schrieben, hat, wie diese Texte zeigen, durchaus ihre Berechtigung. Das Manuskript widerspiegelt die Bedeutung, die er der eigenen Anschauung zumaß, dem Prüfen des originalen Bestands einer Statue und ihrer modernen Ergänzungen ebenso wie der eigenen Beurteilung von künstlerischer Qualität.

„Ich habe auch eine Beschreibung der alterthümer in den Gärten und Gallerien in Rom, ingleichen ein sehr weitläufiges Werk, eine Geschichte der Kunst angefangen.“

1764 kam Winckelmanns „Geschichte der Kunst des Alterthums“ (SN 4,1) heraus und mit ihr sein bahnbrechendes System kunsthistorischer und stilgeschichtlicher Ordnung antiker Kunstwerke. Doch bereits ein Jahr nach dem Erscheinen schrieb Winckelmann: „Sobald ich Luft bekomme, werde ich eine vollständigere Ausgabe der Geschichte der Kunst besorgen. Wir sind heute klüger als wir gestern waren.“ Als notwendigen Zwischenschritt verfasste er einen Ergänzungsband, die „Anmerkungen zur Geschichte der Kunst des Alterthums“, der 1767 in Dresden erschien. Er sollte zugleich ein praktikables Handbuch für Romreisende sein mit einem neu eingeführten Register, das ein topographisch geordnetes Verzeichnis der besprochenen Denkmäler enthielt. Spätere Ausgaben haben viele Teile der „Anmerkungen“ in den Text der „Geschichte der Kunst des Alterthums“ integriert und sahen deshalb keine Veranlassung, diesen Ergänzungsband in ihre Gesamtausgaben aufzunehmen. Die „Anmerkungen“verschwanden folglich vom Büchermarkt. Aus heutiger Sicht ist diese Schrift Winckelmanns zu Unrecht weitgehend vergessen. Mancher neue Gedanke Winckelmanns wurde in den späteren Ausgaben weggelassen und eine Reihe von Denkmälern ist überhaupt nicht in die neuen Ausgaben der „Geschichte der Kunst des Alterthums“ aufgenommen worden. Aus dem Blick geriet so auch der neue lockere Schreibstil und die bewusst persönlich vorgetragenen, manchmal kühnen Argumentationen und scharfen Urteile zur Kunst seit der Renaissance, die von einem selbstbewussten Autor zeugen.
Anliegen dieser Edition ist es, über den gedruckten Text von 1767 hinaus auch Textentwürfe vorzustellen, die sich im handschriftlichen Nachlass fanden und nicht in die Druckfassung aufgenommen wurden. Text und Manuskript liegen nun versehen mit einem Kommentar vor.

Während Band 4,2 die in der „Geschichte der Kunst des Alterthums“ (Bd. 4,1) erwähnten antiken Denkmäler katalogmäßig erfaßt, identifiziert und erklärt, bietet Band 4,3 einen ‚Allgemeinen Kommentar’. Dieser soll mit sprachlichen und sachlichen Erläuterungen zum Textverständnis der „Geschichte“ beitragen. Er erklärt unüblich gewordene Sprachwendungen und Begriffe und entschlüsselt Winckelmanns abgekürzte und daher schwer verständliche Literaturzitate. Viele antike und neuzeitliche Textpassagen, auf die verwiesen ist, werden im Wortlaut wiedergegeben, ins Deutsche übersetzt und kommentiert. Erklärt werden auch alle erwähnten mythologischen und historischen Ereignisse und Personen: Götter und Helden ebenso wie Staatsmänner, Wissenschaftler, Reisende, Dichter, Künstler und Sammler. Die nicht in den Denkmälerkatalog Bd. 4,2 aufgenommenen neuzeitlichen Kunstwerke werden hier nachgewiesen. Widersprüche zwischen Winckelmanns Forschungsergebnissen und heutigen Einsichten werden aufgezeigt, ebenso die historischen und wissenschaftlichen Voraussetzungen für gelegentliche Fehlurteile, aber auch zu Unrecht in Vergessenheit geratene alte Denkansätze und Interpretationsvorschläge.

In diesem Band werden die in Winckelmanns Hauptwerk, der "Geschichte der Kunst des Alterthums", erwähnten antiken Objekte und archäologischen Befunde aller Art katalogmäßig vorgelegt und erläutert.
230 Jahre nach dem Erscheinen von Winckelmanns Kunstgeschichte waren viele der dort zitierten Denkmäler zu Unbekannten geworden. Denn Sammlungen, in denen sie sich befanden, wurden aufgelöst und ihre Bestände über Europa und Nordamerika verstreut. Benennungen, die im 18. Jahrhundert üblich waren, gerieten in Vergessenheit und wurden durch andere Namen ersetzt. Daher war Winckelmanns Text nicht mehr voll verständlich. Das hatte zur Folge, daß man Winckelmanns Kunstgeschichte zu einem Theoriengebäude verkürzte und den Autor als einen bloßen Theoretiker betrachtete, der sich um die Fülle der überlieferten Denkmäler und den konkreten archäologischen Befund wenig kümmerte. Dieses Missverständnis will der Katalog der antiken Denkmäler beseitigen; er will Winckelmann wieder als Archäologen und Wissenschaftler erscheinen lassen, der sich um das Detail, auch das technische Detail bemüht, als Gelehrten mit einer erstaunlich breiten, viele Objektgattungen überblickenden Denkmäler-Kenntnis.

1764 kam Winckelmanns Hauptwerk, die Geschichte der Kunst des Alterthums, heraus. Darin schuf er ein neuartiges historisches Ordnungssystem für antike Kunstwerke. Letztere beurteilte er erstmals konsequent nach Kriterien des Stils der Völker, Zeiten und Künstler; und er stellte Untersuchungen über Ursprung, Wachstum, Veränderung und Verfall der Kunst an. Neben Natur, Klima und Erziehung war, nach Winckelmann, vor allem die Freiheit Voraussetzung der Kunstblüte des antiken Griechenland gewesen: daher die Aufforderung an seine und die folgenden Generationen, die alten Griechen als Leit- und Vorbild aufzufassen. Bereits ein Jahr nach dem Erscheinen schrieb Winckelmann: „Sobald ich Luft bekomme, werde ich eine vollständige Ausgabe der Geschichte der Kunst besorgen. Wir sind heute klüger als wir gestern waren.“ Als er 1768 in Triest einem Mord zum Opfer fiel, hatte er schon seit längerem an einer vermehrten zweiten Auflage gearbeitet. Sie erschien erst postum 1776 in Wien, besorgt durch den Kunsttheoretiker Friedrich Justus Riedel, herausgegeben von der kaiserlichen königlichen Akademie der bildenden Künste.
Da Winckelmann eigenhändige Aufzeichnungen ebenso verschollen sind wie das Manuskript Riedels, bleibt leider unklar, wie stark dessen Anteil am Text ist. Und da die Geschichte der Kunst des Alterthums außerdem bis in die erste Hälfte des 19. Jahrhunderts hinein als fortzuschreibendes wissenschaftliches werk galt, das man in Neuauflagen dem jeweils aktuellen Stand der archäologischen Forschung anpassen dürfe, glaubten sich auch die folgenden Herausgeber frei, Texte der ersten und zweiten Auflage nach Gutdünken zu kombinieren sowie Korrekturen und Zusätze anzubringen. so entstand recht verwirrende Textkompilationen, die mit dieser Ausgabe überwunden werden.

Die Beiden Ausgangstexte zu sichern, ist das Anliegen dieser Textedition, die die Dresdner Ausgabe von 1764 und die postume Wiener Edition von 1776 synoptisch gegenüberstellt. Denn nur auf der Grundlage der ursprünglichen Texte seines Hauptwerkes kann man dem heutigen historischen Verständnis Winckelmanns gerecht werden.

Zur antiken Baukunst veröffentlichte Johann Joachim Winckelmann erstmals 1759 einen Aufsatz mit dem Titel Anmerkungen über die Baukunst der alten Tempel zu Girgenti in Sicilien. 1761 kamen seine Anmerkungen über die Baukunst der Alten heraus, etwas „Systematisches“ zur griechischen und römischen Baukunst, eine Schrift mit wissenschaftlichem Anspruch, die neben die Geschichte der Kunst des Altertums tritt. Kaum erschienen, hat sich Winckelmann um eine erweitere zweite Auflage der Anmerkungen bemüht, die uns wenigstens teilweise in dem Fragment einer neuen Bearbeitung der Anmerkungen über die Baukunst der Alten erhalten ist. Damit ist der Inhalt der Winckelmann-Schriften in diesem Band umrissen, der durch einen ausführlichen Stellenkommentar sowie eine Einleitung zur Entstehungsgeschichte und Bedeutung seiner Baukunstschriften ergänzt wird.

Der dritte Teilband vereint, was im weiteren Zusammenhang mit den Besuchen und Studien Winckelmanns zu Herkulaneum und Pompeji steht. Es sind 17 Briefe Winckelmanns an Giovanni Lodovico Bianconi und Joseph Anton Gabaleon Graf Wackerbarth-Salmour aus den Jahren 1758 bis 1763. Im zweiten Teil finden sich Winckelmanns während der Neapelreise 1762 entstandene handschriftliche, bisher unveröffentlichte Notizen, die er offensichtlich für eine geplante zweite Auflage der Anmerkungen über die Baukunst der Alten nutzen wollte. Die Texte sind durch einen ausführlichen Stellenkommentar erläutert; Gesamtregister zu allen drei Bänden (II,1 – II,3) erlauben eine schnelle Erschließung der Texte.

Diese Beiden Bände stellen die ersten Schriften dar, in denen in Deutschland die 1738 begonnenen Ausgrabungen in Herkulaneum und Pompeji durch eine systematische Betrachtung einem breiteren Publikum bekannt wurden: ihre Übersetzungen ins Französische und Englische machten den Autor und die antiken Funde der Vesuvstädte auch in Europa berühmt.
Die Neuausgabe umfaßt im ersten Teilband (II,1) den Text des Sendschreibens mit einem Textapparat, der die im Nachlaß Paris enthaltenen werkrelevanten Entwürfe verzeichnet, einen ausführlichen Stellenkommentar sowie eine Einleitung zu Entstehungsgeschichte und Bedeutung der herkulanischen Schriften Winckelmanns.
Der zweite Teilband (II,2) enthält neben dem Text und einen Textapparat Nachrichten, den Kommentar und den Abbildungsteil zu den in beiden Schriften von Winckelmann behandelten antiken Kunstwerken sowie Stiche, Zeichnungen und Karten von Pompeji.

In dem ausgewerteten handschriftlichen Nachlaß Winckelmanns fand sich ein unvollendetes Manuskript, das seine ersten Betrachtungen zur antiken Skulptur und die vorgenommenen Ergänzungen an antiken Statuen zusammenfaßte und die daraus resultierenden Irrtümer der Bennennung seiner Vorgänger in den Mittelpunkt rückte.
Winckelmann erkannte, daß nicht nur das antiquarische wissen um das Kunstwerk, sondern die persönliche Autopsie für das Verständnis und die Deutung notwendig ist. Mit ihm beginnt so eine neue, auf der persönlichen Anschauung und Kritik gegründete Sicht auf die Antike.