Als am 30. März 1763 der Präsident der Altertümer von Rom, Abbate Ridolfino Venuti (1705–1763), der dieses Amt seit 1744 innehatte, starb, wurde Winckelmann auf Vorschlag Kardinal Albanis dessen Nachfolger als päpstlicher Antiquarius. Schon am 11. April 1763 erhielt Winckelmann die Ernennungsurkunde zum Kommissar der Altertümer von Rom. In dieser Funktion gewann Winckelmann zunehmend Einfluß. Die Ausfuhr von Antiken bedurfte seiner Genehmigung. Fundorte mußten bei seinen beiden Assessoren, die ihm als Präfekten unterstanden, gemeldet werden. Ebenso gehörten Führungen hoher Gäste durch das antike Rom zu Winckelmanns Aufgaben.
Da das Präsidentenamt wenig einträglich war, bemühte sich Albani, es mit einer Stelle in der vatikanischen Bibliothek zu verbinden. 1763 wurde auf Gesuch Kardinal Albanis Winckelmann zum Scrittore teutonica (für die deutsche Sprache zuständigen Bibliotheksschreiber) ernannt. Ein Jahr darauf erhielt Winckelmann die Anwartschaft auf das griechische Scrittorat zuerkannt. In der vatikanischen Bibliothek hatte Winckelmann von November bis Juni eine feste Arbeitszeit, täglich von 9.00–12.00 Uhr außer donnerstags und sonntags.