Im Frühjahr 1742 trat Winckelmann in die Dienste des Oberamtmannes des Magdeburgischen Domkapitels zu Hadmersleben H. Christian Lamprecht (gest. 1773), um dessen ältesten Sohn Friedrich Wilhelm Peter (gest. 1797) auf die Universität vorzubereiten. Der junge Lamprecht, dem sich Winckelmann, der eine tiefe Zuneigung für den Jüngling empfand, als Freund verbunden fühlte, folgte ihm auch, als er im Frühjahr 1743 die Stelle des Konrektors der Lateinschule in Seehausen antrat. An der Seehausener Lateinschule mit ihren etwa 70 Schülern unterrichteten damals vier Pädagogen: der Rektor Johann Gottfried Paalzow, der Konrektor Winckelmann, ein Kantor und der sogenannte Quartus [der 4. Lehrer]. Winckelmann gab Griechisch, Latein, Hebräisch, Geschichte, Geographie und Logik.

Winckelmann bedrückten die rückständigen Verhältnisse und das provinzielle Klima in dem kleinen preußischen Landstädtchen, in dem es so gar keine geistigen Anregungen gab. Zudem brachte ihm sein Beruf nicht die erhoffte Erfüllung. Mit besonderem Engagement hatte sich Winckelmann dem Griechischunterricht gewidmet, doch die Ansprüche, die er dabei an seine Schüler stellte, waren zu hoch und die Probleme vorgezeichnet. Verstanden auch die Eltern nicht recht, warum ihre Söhne mit Griechisch so sehr geplagt werden sollten, zumal die meisten es für ihren späteren Beruf nicht brauchten. In jenen Jahren studierte Winckelmann sehr intensiv zahlreiche ihm zugängliche Werke der griechischen Literatur. Seine Vorliebe galt wie schon in den Jugendjahren Homer, gefolgt von Herodot, Sopho-kles, Xenophon und Platon. Aus der antiken Literatur erwarb sich Winckelmann eine gründliche Kenntnis über Kunst, Kultur und Geschichte des Altertums, die für seine spätere wissenschaftliche Arbeit ein wichtiges Fundament bot. Winckelmann arbeitete in den fünf Seehausener Jahren bis zur physischen Erschöpfung. Sein Schulfreund Uden berichtet nach einem Besuch in Seehausen: Winckelmann „war aber den gantzen Winter hindurch mit keinem Fuße ins Bette gekommen, sondern saß in einem Lehnstuhl in einem Winkel vor einem Tisch; auf beyden Seiten stunden 2 Bücher Repositoria. Den Tag über brachte er mit der Information in der Schule zu, und nachher mit dem Unterricht seines Lamprechts. Um 10 Uhr ging dieser zu Bette und W. studirte für sich bis um 12 Uhr, da er seine Lampe auslöschte, und bis um 4 Uhr auf seinem Stuhle feste schlief. Um 4 Uhr wachte er wieder auf, zündete sein Licht an und studirte für sich bis um 6 Uhr; da sein Unterricht mit dem jungen Lamprecht wieder anging, bis zur Schule.“

Die Lichtblicke, die Winckelmann in seinen Studien fand, konnten jedoch nicht darüber hinweg trösten, daß ihm seine Tätigkeit im streng reglementierten preußischen Schuldienst keine Erfüllung brachte und das Leben in provinzieller Enge und kleinstädtischer Intoleranz zur Qual wurde. So trug er sich seit Sommer 1746 mit dem Gedanken, Seehausen zu verlassen. Als er dann das verlockende Angebot einer Bibliothekarsstelle bei Heinrich von Bünau erhielt, nahm Winckelmann kurzentschlossen am 17. August 1748 in Seehausen seinen Abschied.